כאמור, עד הקמתו של הפיקוד, הטיפול בעורף היה באחריות מקחל"ר- מפקדת קצין חיל ראשי להג"א (התגוננות אזרחית) ולהגמ"ר (הגנה מרחבית).
ב-2 באוגוסט 1990 פלשה עיראק לכווית וסיפחה אותה אליה.
לאחר ששורה של סנקציות שננקטו כנגד עיראק ע"י קואליציית מדינות המערב לא הועילו, קיבלה ארה"ב, ב-29 בנובמבר 1990, אישור ממועצת הביטחון של האו"ם "להשתמש בכל האמצעים שיהיו נחוצים", החל מה-15 בינואר 1991, על מנת לגרום לעיראק לסגת מכווית. במקביל ניסו האמריקנים לפתוח ערוץ דיפלומטי עם עיראק, אך ללא הועיל.
ב-16 בינואר, עם פקיעת מועד האולטימאטום, הצהיר סדאם חוסיין, שליט עיראק, כי עיראק לא תוותר על כווית אפילו במחיר מלחמה. ארה"ב קידמה את כוחותיה בים וביבשה לקראת מתקפה. המלחמה הייתה בלתי נמנעת.
ב-17 בינואר פתחה ארה"ב, בראש מדינות הקואליציה, במתקפה אווירית על עיראק לאחר שזו לא הסיגה את כוחותיה מכווית עד למועד האולטימאטום שנקבע לה.
המלחמה נמשכה 42 יום כאשר ידה של ארה"ב על העליונה והיא פועלת באינטנסיביות להשמדת הצבא העיראקי ומוקדים בעלי חשיבות ביטחונית אסטרטגית. המלחמה נסתיימה בתבוסתה של עיראק ונסיגת כוחותיה מכווית.
מלחמת המפרץ הייתה מלחמה מסוג אחר, מלחמה בה העורף צריך להתגונן והופך לחזית. הייתה זו מלחמה תקשורתית שבה נפילת פצצה שודרה בשידור חי, ושתרמה לשינוי בסדר העולמי ולפתיחת תהליך שלום מסודר.
בטרם פרוץ הקרבות ניסתה עיראק לגרור את ישראל למעורבות במשבר. ניסיונות אלו באו לידי ביטוי בפרסום הודעת דובר צבא עיראק, כי צה"ל נטל חלק באופן מסווה בכוח המשימה האמריקני ובאיום עיראקי בתגובה תוקפנית כלפי ישראל, אם תנקוט ארה"ב בצעד צבאי כלפי עיראק או תפגע באינטרסים עיראקיים בכווית.
תגובתה של ממשלת ישראל הייתה כי אומנם ישראל היא בת-ברית של ארה"ב, אולם אין היא רואה עצמה שותפה למשבר. ישראל שמרה על "פרופיל נמוך" מאז פלישת עיראק לכווית, ולא נטלה חלק במגעים המדיניים שנערכו בין עיראק ובין ארה"ב. למרות מדיניות "הפרופיל הנמוך", ננקטו בצה"ל, ע"י הג"א, מספר פעולות, שעיקרן בתחום הגנת העורף לסיכול כל מגמה לפגיעה בישראל באמצעות נשק קונבנציונאלי ובלתי קונבנציונאלי.
במהלך המלחמה נקט צה"ל מספר פעולות הקשורות בעורף:
1. חלוקת ערכות מגן אישיות לכל תושבי ישראל, להתגוננות מפני נשק לא קונבנציונאלי.
2. שימוש נרחב באמצעי התקשורת לשם הסברה והדרכה על אופן השימוש במסכה וההתנהגות בעת אזעקה.
3. פרסום הנחיות התנהגות להכנת חדרים אטומים ומוגנים בכל בית ובמקומות ציבוריים והימנעות מהתקהלויות.
4. שיתוף פעולה בין גורמי רפואה והצלה בעורף.
פעולות אלו לצד תובנות הדרג המדיני והצבאי מימי המלחמה הובילו במהרה להחלטה על הקמת הפיקוד.
הניסיון שנצבר במהלך 42 ימים מתוחים הבהיר כי רק צעד כזה יאפשר היערכות ומוכנות טובה יותר למדינת ישראל השלושה היבטים:
ההיבט החוקי- חיל העורף לפני מלחמת המפרץ הורכב משלוש מפקדות עורף הכפופות לפיקודים המרחביים (צפון, מרכז ודרום). האחריות הפיקודית עליהן הייתה של אלופי הפיקודים. לחיל העורף- הגוף המקצועי והארגוני- לא הייתה כל סמכות ואחריות בשטח. מצב זה סתר את חוק ההתגוננות האזרחית מ- 1951, אשר העניק עצמאות וסמכויות נרחבות לחיל העורף.
ההיבט המבצעי- במתארים השונים יש להיערך בעורף במקביל ללחימה בחזית. במקרה כזה, "ישחרר" פיקוד העורף את אלופי הפיקודים האחרים (צפון, מרכז ודרום) מהדאגה לעורף, ויאפשר להם להתמקד בצרכים המבצעיים בחזית.
ההיבט הארגוני - הקמתו של פיקוד העורף תאפשר התייעלות ביחידות הקיימות, ותבטיח תיאום טוב יותר עם כלל הגופים האזרחיים וארגוני החירום. כבר ב- 1975, בדקו ועדות רבות את נושא המערך הארגוני, שיעסוק בהתגוננות אזרחית, והמליצו על הקמת פיקוד העורף. האפשרות של איום על העורף בעת מלחמה בחזיתות השונות, העלה את המודעות לנושא העורף, והבליט את הצורך בגוף אחד שירכז את הטיפול בעורף בשעת חירום.
ב-17.2.1992 הוקם פיקוד העורף כפיקוד הרביעי בצה"ל.